Только 64-битные пакеты могут использовать Program Files на 64-битной машине.
В проектах установки Visual Studio единственным решением является использование отдельных 32-битных и 64-битных пакетов. 32-разрядный пакет для 32-разрядных систем и 64-разрядный пакет для 64-разрядных систем.
Некоторые коммерческие инструменты разработки (например, Advanced Installer или InstallShield) позволяют создавать смешанные 32/64-битные пакеты, которые автоматически адаптируются к целевой платформе (32-битной или 64-битной).
Но вам действительно нужен 64-битный пакет ?