Есть несколько способов.
Вы можете указать веб-серверу обрабатывать файл как PHP (самое простое переименование - иметь расширение .php), а затем добавить:
<?php
header("Content-type: text/css; charset=utf-8");
ob_start("ob_gzhandler")
?>
наверх.
Вы могли бы написать скрипт PHP, который делает то же самое, но читает в файле CSS вместо того, чтобы иметь его встроенным.
Обе эти опции приводят к проблемам с кэшированием - вам также придется позаботиться о заголовках HTTP для контроля кэша, если вы хотите быть в здравом уме.
Лучшим вариантом было бы забыть о PHP и просто настроить свой веб-сервер для сжатия этих файлов (используя mod_deflate, mod_gzip или аналогичный)