Если местоположение определено с помощью dir1 и dir2, а третье просто не читаемое, то вы можете сделать это с помощью одного выражения:
include(current(glob("./dir1/dir2/*/config.php")));
Примечание. Загрузка сценария включенияболее http://mysite/...
невозможно.HTTP не предоставляет списков каталогов, и он не будет работать, потому что в этом случае этот скрипт config.php будет проанализирован.