Проблема заключалась в том, что V8 не позволяет контексту получать доступ к глобальным переменным другого контекста.Следовательно, logger.logЭто (это) ничего не печатало.
Это было решено путем установки токена безопасности в новом контексте:
moduleContext->SetSecurityToken(context->GetSecurityToken());
, где контекст является «основным»context и moduleContext - это новый контекст, в котором выполняется включенный скрипт.