Что вам нужно сделать, это посмотреть спецификацию манифеста JAR, которая позволяет вам устанавливать записи classpath, от которых будет зависеть ваш jar.
http://download.oracle.com/javase/6/docs/technotes/guides/jar/jar.html#Main%20Attributes
Даст вам некоторую информацию. Запись Class-Path - это именно то, что вам нужно будет посмотреть. сделайте ссылки в файле MANIFEST.MF, который поставляется вместе с вашей флягой, на банку mysql. Я бы порекомендовал ставить относительно расположения ваших приложений экспортированный jar.
После этого вы / должны / сможете использовать java -jar для выполнения вашей программы и иметь соответствующие классы для mySQL, доступные для использования.
Надеюсь, это поможет.