если вы вообще не установили глобальное игнорирование, то SVN автоматически использует глобальное игнорирование по умолчанию.
Это означает, что линия
# global-ignores = * .o * .lo * .la * .al .libs * .so .so. [0-9] * .a * .pyc * .pyo '#' .rej ~ ##. # . *. Swp .DS_Store
на самом деле то же самое, что и
global-ignores = * .o * .lo * .la * .al .libs * .so .so. [0-9] * .a * .pyc
* .pyo '#' .rej ~ ##. # . *. swp .DS_Store
, поскольку, если ничего не указано, используется значение по умолчанию.
Чтобы не игнорировать файлы * .so и .so. [0-9], вы должны раскомментировать часть игнорирования gobal в файле конфигурации и указать там пустую строку или свой глобальный игнорировать список.