Если я вызову какую-нибудь функцию Java из MATLAB, могу ли я ожидать, что следующий код MATLAB будет ожидать возврата из функции Java?
Будет ждать основной поток. Но не для других.
В некоторых случаях вы можете использовать команду drawnow для завершения других потоков.
drawnow