Возможно, я не совсем понимаю вашу задачу, но ваша идея об использовании веб-службы мне кажется странной. Веб-службы обычно используются для обработки запросов от удаленных клиентов. То есть клиент вызывает метод веб-службы, а веб-служба возвращает результат этому клиенту.
Я думаю, я понял вашу идею :). Если вам нужно просто изменить данные в БД, я думаю, что лучшим решением будет создание службы Windows, которая будет пинговать веб-службу при необходимости.