Если вы обновляете подмодуль и фиксируете его, вам нужно перейти к репо содержащего или более высокого уровня и добавить туда изменение.
git status
покажет что-то вроде:
modified:
some/path/to/your/submodule
Тот факт, что субмодуль не синхронизирован, также можно увидеть с помощью
git submodule
вывод покажет:
+afafaffa232452362634243523 some/path/to/your/submodule
Знак плюса указывает, что ваш подмодуль указывает впереди того места, куда, как ожидает верхний репо, указывает.
просто добавьте это изменение:
git add some/path/to/your/submodule
и передайте это:
git commit -m "referenced newer version of my submodule"
Когда вы нажимаете на изменения, сначала убедитесь, что вы нажали изменение в подмодуле, а затем нажмите изменение ссылки во внешнем репо. Таким образом, люди, которые обновятся, всегда смогут успешно запустить
git submodule update
Более подробную информацию о подмодулях можно найти здесь http://progit.org/book/ch6-6.html.