Company.includes(:branches).where(:branches => {:id => 3})
или
Branch.find(3).companies
ОБНОВЛЕНИЕ Фактически у первого фрагмента есть один недостаток: он охотно загружает филиалы вместе с компаниями.Чтобы избежать этих издержек, вы можете использовать левое соединение:
Company.
joins("LEFT JOIN `branch_choices` ON `branch_choices`.`company_id` = `companies`.`id`").
where(:branch_choices => {:branch_id => 3})