самое простое, что нужно сделать, это закомментировать строку.
Индивидуальный тест не пройден, как только утверждение не выполнено, причина в том, как вы можете доверять каким-либо результатам после первого сбоя?
Вы сказали
I'd like to see the behavior of the application for a certain amount of time after the assertEquals statement fails
Я не понимаю это утверждение. Запускаете ли вы приложение с утверждениями junit или набор юнит-тестов? Кроме того, если утверждение не удается, почему вы хотите продолжить? Похоже, что ваш дизайн теста требует дополнительной работы - ошибка подтверждения означает, что ситуация является ошибкой, точка. Если вы хотите увидеть, что происходит после сбоя, вам следует добавить больше подробностей к утверждению и делать сбой только тогда, когда вы не хотите продолжать.