Возможно, это то, что вы имеете в виду:
function man() { emacs -eval "(progn (setq Man-notify-method 'bully) (man \"$1\"))" }
setq
предназначен только для того, чтобы страница руководства скрывала буфер *scratch*
; если ты не хочешь этого, достаточно сделать
function man() { emacs -eval "(man \"$1\")" }
Если вы хотите вызывать функции Emacs из командной строки, вы должны написать вызов функции в elisp; вы не можете просто вводить последовательности команд Emacs в командной строке.