(скопировано из вопроса - так что это показывает, что есть ответ)
Я нашел решение, хотя оно оказалось не таким тривиальным, как я ожидал.
Eclipse дает возможность управлять процессом сборки с помощью build.properties, в котором вы можете указать свойство javacDefaultEncoding со следующим значением, например
javacDefaultEncoding .. = UTF-8
Документацию можно найти в справке Eclipse в «Руководстве по среде разработки плагинов> Справка> Конфигурация сборки»
Надеюсь, это кому-нибудь поможет.