Избегайте добавления коллекций в конфигурацию вашего картографа. Убедитесь, что вы добавили все типы (классы). У меня были ошибки, когда коллекции не были в конфигурации, но это было потому, что не все типы были включены. Немного вводит в заблуждение, но вот в чем проблема. Суть в том, чтобы удалить все коллекции из конфигурации Mapper и добавить только все классы. Добавить коллекции при выполнении фактического преобразования, т.е. вызов к мапперу. Карта.
var config = new MapperConfiguration(cfg =>
{
cfg.CreateMap<Infrastructure.Entities.Pet, Domain.Model.Pet>();
cfg.CreateMap<Infrastructure.Entities.Owner, Domain.Model.Owner>().ReverseMap();
});
var mapper = config.CreateMapper();
var domainPetOwners = mapper.Map<List<Domain.Model.Owner>>(repoPetOwners);