Название вашего вопроса не совсем соответствует основной части вопроса. Я думаю, что вы хотите, чтобы добавить все файлы во всех подкаталогах в одном массиве.
Один из способов сделать это:
DirectoryInfo dir = new DirectoryInfo(@"C:\Path");
List<FileInfo> files = new List<FileInfo>();
foreach (DirectoryInfo folder in dir.GetDirectories())
foreach (FileInfo file in folder.GetFiles())
{
files.Add(file);
}
// files contains your list of files