200 тыс. Строк не так уж много и определенно не должны занимать 6 часов, даже 1 час.
Я не понял, если проблема заключается в действительном выборе или доведении результата до приложения.
Я бы порекомендовал запустить select с NOLOCK, чтобы игнорировать блокировки, возможно, к вашей таблице обращаются другие процессы, когда вы выполняете запрос
SELECT * FROM TABLE WITH(NOLOCK)
Если проблема заключается в переносе данных в приложение, вам необходимо предоставить более подробную информацию о том, как вы это делаете