Пожалуйста, укажите, какое всплывающее окно вы используете, и по содержанию, что вы имеете в виду.
Пример для всплывающего окна (диалогового окна) jquery-ui
HTML:
<div id="myDialog" >
<p>default dialog</p>
</div>
JQuery:
$(function() {
$( "#myDialog" ).dialog();
$( "#myDialog p" ).html($("iframe").contents().find("body").html());
});