«куда поместить эту вторую систему»: вероятно, те же места, что и основная система: папки контроллеров, моделей и видов;если вы хотите перейти на CakePHP.
"для доступа к нему, как сейчас" / production ": вы можете использовать префиксную маршрутизацию: http://book.cakephp.org/view/950/Prefix-Routing
или, если я вас неправильно понял, и выхотите сохранить код в целости: он должен находиться в папке Vendor, но при этом ваши две системы больше не контролируют.
Плагины - это на самом деле приложения Cakephp, которые можно использовать в вашем приложении.