Формат банка белка pdb - удаление лиганда

Question

Я хотел бы удалить различные лиганды из записей PDB. Достаточно ли просто удалить HET, HETNAM, HETATM ...., т.е. те, где соединение идентифицируется его 3-буквенным кодом, или необходимо очистить некоторые другие поля?

Существует ли какой-либо скрипт на python | perl, уже написанный для этой цели?

Answer 1

open(FILE,"file.pdb");
@file=<FILE>;
foreach (@file){
if (/^HETATM/){
print $_,"\n";
}}

это отделяет лиганд. чтобы удалить лиганд, не равняйтесь перед регулярным выражением.