Ваше решение и / или файлы проекта настроены для одной версии Visual Studio, а MSBuild строит их как другую версию. Если вы посмотрите в файл решения, вы увидите что-то вроде этого:
Файл решения Microsoft Visual Studio,
Версия формата 10.00
# Visual Studio 2008
Версия формата и визуальная студия # будут различаться в зависимости от того, используете ли вы VS2003, VS2005, VS2008 и предположительно VS2010.
В командной строке, где вы запускаете сборку, она запускается из определенной версии .NET framework:
C: \ WINDOWS \ Microsoft.NET \ Framework \ v2.0.50727 \ MSBuild