Вы должны добавить строку запроса в конце файла javascript, это хороший вариант, по моему мнению, очистка куки не является хорошей практикой. Как сказал Дэвид выше, добавление строк запроса будет полезным.
www.example.com/js/tooltip.js?version1.0
или
www.example.com/js/tooltip.js?12-01-2012
так что браузер поймет эти новые файлы, которые он снова загружает, сохранит их в кэше до следующего выпуска и будет легко поддерживать, если вы добавите автоматическую дату в конце строки запроса.