Вы должны добавить класс репозитория вручную в yaml, так как класс репо не имеет ничего общего со схемой db, поэтому convert-mapping не является инструментом для работы.Просто добавьте следующее в ваш yaml
repositoryClass: Repository\MyRepository
, где Repository \ MyRepository - это полное имя вашего класса репо.Затем вы также можете использовать CLI для генерации файла orm: generate-repositories ...