Прежде всего, вам следует беспокоиться о своей схеме, если вы хотите достойной производительности с таким количеством записей и частых записей; т.е. надлежащие индексы и ограничения должны быть созданы, если они еще не созданы.
Далее, в самом запросе выберите минимальное количество полей, необходимых для заполнения (поэтому, если вам не нужно ВСЕ поля игроков, избегайте использования «Players. *»).
Личный преф, я бы реструктурировал таблицы (например, playerID вместо id) и запросил бы так:
SELECT p.*, COUNT(c.id) as clicks_count
FROM players p
JOIN clicks c USING(playerID)
GROUP BY p.playerID
ORDER BY clicks_count desc
LIMIT 1
Опять же, посмотрите, действительно ли вам нужны ВСЕ поля таблицы игрока; если нет, пропустите "p. *" и замените на p.foo, p.bar и т. д.