Это мало что меняет для проекта.По умолчанию ваш код не находится в общем пространстве имен.Кроме того, ваши классы (я полагаю, вы все еще говорите об отстающих) не хранятся в папке app_code.
Вы используете visual studio?Это сделает организацию за вас, и если вы не уверены, то я просто оставлю все как есть.
Любые новые файлы .vb (не с выделенным кодом), которые вы создаете независимо, действительно идутв папке app_code, и вы можете сгруппировать их в пространства имен (или нет), как вы хотите.