git mv
содержимое папки B (кроме каталога .git
в подпапку с именем folderB
main
|-- folderA
|-- folderB
|
|-- folderB
|--- .git
mv
папка A в папку B
main
|
|-- folderB
|
|-- folderA
|-- folderB
|--- .git
git add
и git commit
папка A
переименуйте папку верхнего уровня B в temp
main
|
|-- temp
|
|-- folderA
|-- folderB
|--- .git
mv
папка A, папка B и папка .git верхнего уровня main
main
|
|-- folderA
|-- folderB
|--- .git
|-- temp
удалить временную папку.