Я бы предположил, что hibernate.query.substitutions
работает только для запросов, но не для сущностей.
Я бы попытался реализовать пользовательский тип пользователя, который отображает логическое значение на 1 или 0. И затем использовать этот пользовательский тип для аннотирования логического поля моей сущности.
@org.hibernate.annotations.Typ(type="com.example.Boolean01Type")
private boolean deletes;
Посмотрите в этом блоге пример того, как реализовать пользовательский тип. ( Я не уверен на 100%, но я помню, что в гибернации было как-то два понятия пользовательских типов, одно более мощное, чем другое )
Но обязательно взгляните на стандартный пользовательский тип yes_no, который действительно близок к тому, который вам нужно написать.
@org.hibernate.annotations.Type(type="yes_no")
boolean myBoolean;