Нет, ваше предположение неверно.
Из документации класса NSPersistentStoreCoordinator:
Значением по умолчанию является NSFileProtectionCompleteUntilFirstUserAuthentication для всех приложений, созданных на iOS версии 5.0 или после нее.Значением по умолчанию для всех более старых приложений является NSFileProtectionNone.
Чтобы включить NSFileProtectionComplete, необходимо добавить NSPersistentStoreFileProtectionKey с NSFileProtectionComplete к параметрам NSDictionary при вызове addPersistentStoreWithType: URL-адрес:.
Имейте в виду, что это шифрование файлов включается только тогда, когда пользователь установил код доступа.