Файл должен автоматически помечаться как разрешенный после сохранения вывода в нижней панели.(Вам не нужно выбирать имя файла, так как оно должно указывать на правильное место с самого начала.)
Есть ли вероятность, что вы неправильно настроили BeyondCompare как инструмент слияния?Вот соответствующая часть файла конфигурации, которая всегда работает для меня:
[ui]
merge = beyondcompare3
[extensions]
extdiff=
[extdiff]
md.beyondcompare3 = c:\Program Files (x86)\Beyond Compare 3\BCompare.exe
opts.beyondcompare3 = /leftreadonly
[merge-tools]
; Windows version of BeyondCompare 3
beyondcompare3.priority=-1
beyondcompare3.args=$local $other $base /mergeoutput=$output /ro /lefttitle=local /centertitle=base /righttitle=other /outputtitle=merged /automerge /reviewconflicts /solo
beyondcompare3.premerge=False
beyondcompare3.regkey=Software\Scooter Software\Beyond Compare 3
beyondcompare3.regname=ExePath
beyondcompare3.gui=True
beyondcompare3.diffargs=/lro /lefttitle='$plabel1' /righttitle='$clabel' /solo /expandall $parent $child
beyondcompare3.diff3args=$parent1 $parent2 $child /lefttitle='$plabel1' /centertitle='$clabel' /righttitle='$plabel2' /solo /ro
beyondcompare3.dirdiff=True
beyondcompare3.binary=True
[tortoisehg]
vdiff = beyondcompare3