JavaScript и CSS (а также изображения, flash и любые другие общедоступные статические ресурсы) должны находиться в каталоге public
.
Вы ссылаетесь на них в своем представлении / макете, используя соответствующий помощник вида
<?php echo $this->headScript()->appendFile(
$this->baseUrl('path/to/script.js')) ?>
Если вы должны поместить их в каталог application
, рассмотрите возможность создания символических ссылок в общедоступном каталоге.