Документация Django четко гласит:
По умолчанию Django ищет приборы в каталоге fixtures внутри каждого приложения.
Но я обнаружил, что это не соответствует действительности .Если вы не определили FIXTURE_DIRS в settings.py, тогда django будет искать initial_data.yaml в том же каталоге, где находятся manage.py и settings.py.У меня была эта проблема с django 1.3.1.
Вам также нужно установить анализатор python yaml, иначе django будет игнорировать приборы в формате yaml.Если вы используете Ubuntu, вы можете установить парсер, введя в консоли следующую команду:
sudo apt-get install python-yaml