Вызовы в Actionscript иногда являются асинхронными.
Специально призывает к сохранению файлов и все.
Что вы действительно должны сделать, это:
Alert.show("Do you realy want to delete", "My Title", 3,null,
function alertClickHandler(event:CloseEvent):void
{
if (event.detail==Alert.YES)
{
canvas.save(true); // does not popup when next line is present
exit();
}
} );
Измените функцию сохранения следующим образом:
public function save(exitAfterSave:boolean):void
{
//do whatever you need to do to save the file
if(exitAfterSave)
exit();
}