Вы также должны обновить comment_count column
до 0
в wp_posts
таблице.
Этот столбец содержит номер комментария, связанного с сообщением, поскольку вы уже удалили все комментарии, поэтому вам также следует обновить значение этого поля до 0
UPDATE wp_posts SET comment_count=0