JNI-кодирование - это обычно ручной процесс написания кода на C ++ для создания собственных методов склеивания. Есть целая книга, которая объясняет это.
В некоторых случаях http://jna.java.net/ может автоматизировать или ускорить этот процесс, но не рассчитывайте на него.
Вы не можете «связать нативные библиотеки», если не пойдете по пути использования OSGi или чего-то вроде инструмента упаковки Tanukisoft, в Java нет встроенной функции для этой цели.
Точки соединяются с помощью -Djava.library.path, чтобы указать java, где искать нативные библиотеки, или с помощью низкоуровневых API-интерфейсов для System.loadLibrary, которые позволяют указывать полный путь.
Следите за взаимодействием с PATH и LD_LIBRARY_PATH, если ваши нативные библиотеки по очереди имеют зависимости.