Чтобы придерживаться вашего подхода с двумя начальными утверждениями, вы можете просто объединить свои утверждения (декартово произведение) и выполнить свои вычисления.
SELECT your_calculation FROM select_statement1, select_statement2;
В вашем примере это переводится как
SELECT 100.0*user_in/total FROM
(SELECT COUNT(id) as user_in FROM <table_user> WHERE user= 11),
(SELECT COUNT(id) as total FROM <table_user> WHERE 1);
Я только что проверил это с SQLite, по MySQL должно быть почти то же самое. В SQLite 100.0 важно, чтобы избежать целочисленного деления!