Лучший способ добиться того, что вы описываете, - это зайти и изменить Версия 1 со всеми их изменениями и запустить
git commit -a -m "incorporated others changes into Version1"
Таким образом, Git отследит эти изменения и создаст две версии Version1, одна из которых будет оригинальной, а другая с изменениями.
Если вы хотите больше разделения, чем я, я бы создал ветку, так как ветки так легко сделать в Git.
Вы можете создать одну основную ветку или ветку, в которой храните оригиналы, а затем одну, где храните изменения.
это будет выглядеть примерно так
$> mkdir src
$> cd src && git init .
$> touch Version1 && touch Version2
$> git add . && git commit -a -m "initial commit"
$> git checkout -b changes # this creates a branch called changes
# Make changes to the files
$> git commit -a -m "made some changes"
$> git checkout -b master # back to your master branch.
Надеюсь, это поможет.