У меня была та же проблема, и я обнаружил недокументированную функцию в другом посте : mode:shim
~, в частности, не уверен, что именно он делает, но, похоже, заставляет все браузеры переключаться на флэш-память.
Поскольку chrome, ios и другие работали правильно с html5-видео, я использовал условные комментарии для указания IE9 и принудительного возврата (flash или silverlight):
var player = new MediaElementPlayer('video', {
/*@cc_on
@if (@_jscript_version == 9)
mode: 'shim',
@end
@*/
// remove or reorder to change plugin priority
plugins: ['flash','silverlight'],
// etc...
}