Это возможно, передавая исполняемый файл python в качестве аргумента cmake. Тогда я бы также предложил использовать локальную папку установки, так что вам вообще не нужен sudo. И затем, если make install не запрашивает у вас разрешения sudo, возможно, он нацелен на ваш python virtualenv.
Откройте cmakelists.txt с помощью cmake-gui, чтобы увидеть переменные python. Это также, вероятно, даст ошибку, если у вас нет numy в вашем virtualenv, так что вы знаете, что он выбирает правильный питон. Это также будет работать с независимой от версии Python, так как он создан специально для вашего исполняемого файла Python