Как упомянул @Remon van Vliet,
Вам придется использовать,
db.system.js.save( { _id : "myDatabaseAverage" ,
value : function(){ // ..do something }
} );
чтобы сначала сохранить вашу функцию,
и тогда вам нужно позвонить,
db.loadServerScripts();
перед выполнением вашей функции.