Да, как сказал Дэвид, memcpy должен помочь.
Но убедитесь, что память выделена для R, иначе вы в конечном итоге повредите память некоторых других переменных. И если вы планируете выделить память внутри этой функции (я бы предпочел этот способ), измените подпись следующим образом
void word_not(lc3_word_t **pR, lc3_word_t *A)
{
*pR = (lc3_word_t*)malloc(sizeof(lc3_word_t));
if(*pR != 0)
{
memcpy(*pR, A, sizeof(lc3_word_t));
}
}