Никогда не храните файлы .cs на работающем сервере.Загружайте только двоичные файлы, просмотры и другой контент.Вы должны опубликовать свой проект в режиме релиза и загрузить результат.Что касается ваших коллег, существует решение, называемое контролем версий.Это система, которая позволяет многим разработчикам одновременно работать над одним проектом.Элементы управления источниками, которые доступны только для нескольких упоминаний:
SVN
Сервер Team Foundation
Сохранение визуального источника.
Редактировать
Технически между вашими сайтами нет различий.Тот, который "не нуждается в dll", на самом деле динамически компилирует все файлы cs в специальный каталог как dll и только после этого запускается.Ваш загружен на сервер уже предварительно скомпилирован.
Также вы можете найти этот вопрос интересным.
Приветствия.