$this->load->view('path/to/view/file') загрузит соответствующее представление, если оно вложено в подкаталог.
Что касается маршрута по умолчанию, просто сделайте так, чтобы ваш контроллер по умолчанию загружал правильный (или вид по умолчанию), используя код выше