Основная идея существования папки Models - сохранить ваши объекты, которыми вы манипулируете. Это соглашение для поддержки парадигмы MVC (Model-View-Controller). В базовом приложении ASP.NET MVC вы сохраняете класс DataContext L2S или контекстный класс EF в папке Models.
Потребность в дополнительных классах (файлах) в папке Models может быть объяснена идеей частичных классов: все классы в файле DataContext являются частичными и, как таковые, могут быть расширены с помощью дополнительных свойств и методов.
Если вы делите свое приложение MVC на несколько проектов, вам вообще не нужно использовать папку Models, поскольку ваш DAL будет находиться в DLL, на которую вы ссылаетесь из веб-приложения MVC.