Файлы, которые находятся в этом каталоге
NSString *rootPath = [NSSearchPathForDirectoriesInDomains(NSDocumentDirectory, NSUserDomainMask, YES) objectAtIndex:0];
не удаляется при обновлении вашего приложения. Это ответ на ваш первый вопрос.
Я бы сказал, что хорошим способом было бы автоматически обновлять вашу БД с какой-либо веб-страницы. Вам следует сохранить номер версии вашего локального файла БД и сравнить его с номером на удаленном сервере. Всякий раз, когда локальная БД устарела, спросите пользователя, хочет ли он получить новую версию.