Я недавно «мигрировал» из Netbeans в Eclipse и обнаружил, что это удивительно легко. Причина, по которой это было легко, заключается в том, что все наши проекты представляют собой независимые от IDE стандартные сценарии сборки ant и ivy, которые могут понять большинство современных IDE. Таким образом, мы все можем использовать IDE, которая нам нравится (да, emacs и vi тоже), и это не проблема миграции.
Причина, по которой я указываю на это, заключается в том, что, если это не так, я бы рекомендовал вам использовать тот же путь при миграции. Просто создайте несколько стандартных скриптов сборки ant (и ivy). Eclipse знает, как от них избавиться, и в будущем проблем с миграцией не будет.