Я не уверен, решили ли вы это сейчас или нет, но вы можете легко сгенерировать файлы .mat из файлов .daq в matlab, используя daqread. В командном окне:
Data = daqread(mydata.daq);
cd(saveDir)
save('Data','Data')
Переменная Data - это файл .mat. Это может быть легко добавлено в функцию сканирования каталогов файлов. Читать на python также просто, используя модуль scipy. От переводчика например:
from scipy.io import loadmat
data = loadmat('Data.mat')
Также может быть подмодуль загрузки .daq где-то в scipy, но вам придется поискать.
Надеюсь, это поможет!