Да, это правильный подход. Нередко хранить ваши нормализованные / транзакционные данные в реляционной базе данных и использовать базу данных NoSQL, например MongoDB, для других типов данных.
Примером может служить сайт электронной коммерции. Вы можете хранить пользователей и платежные транзакции в mySQL, но вести инвентаризацию продуктов в кластере MongoDB.
Разделив данные по mySQL и Mongo, вы потеряете способность обеспечивать ссылочную целостность, но это не обязательно проблема в зависимости от ваших данных. Вы по-прежнему можете хранить ссылки на документы Mongo из mySQL, но вы просто не сможете применить эти отношения на уровне базы данных.
Я бы начал с миграции первых 3 таблиц, а затем, если все пойдет хорошо, рассмотрите возможность перемещения остальных. Но нет ничего плохого в гибридном подходе, если вы хотите, чтобы другие данные оставались в mySQL.