Несколько вещей, чтобы попробовать:
1) Вы переключили перспективы с Flash или Flash Debug? Если это так, вернитесь к одной из этих перспектив и попробуйте снова.
2) Вы недавно установили новый плагин, который может влиять на вещи?
3) Попробуйте выйти и перезапустить Flash Builder. Попробуйте выйти и перезапустить Flash Builder с аргументом командной строки «-clean». (Последнее иногда исправляет странные проблемы).
4) Попробуйте создать новое рабочее пространство и импортировать старые проекты.
5) Можете ли вы открыть свойства проекта? Можете ли вы проверить, выбрано ли основное приложение для проекта? Было бы странно, если бы проект потерял один, если вы не удалили файл. Если основного приложения нет, я не верю, что вы можете создать профиль запуска / отладки.
6) Вы пытались очистить проект? Я считаю, что чистый вариант из меню проекта.