Возможно, вы установили файлы cookie для domain.com, поэтому они будут переданы sub.domain.com.
Можете ли вы использовать совершенно новый домен, например, cdndomain.com?
Что касается использования модифицированного файла кеша, попробуйте это ...
<?php
$filename = 'script.js';
?>
<script type="text/javascript" src="<?php echo $filename . '?' . filemtime($filename); ?>"></script>
Затем убедитесь, что script.js отправляет заголовок истечения в будущем (достаточно 1 года).
Затем, когда вы обновите этот файл, управление версиями изменится, сломав кеш и разрешив клиенту загрузить новую копию.