Для компиляции Foo.java и Bar.java:
javac Foo.java Bar.java
Чтобы поместить скомпилированные файлы классов в jar:
jar cvf classes.jar Foo.class Bar.class
Обратите внимание, что если вы помещаете ваши классы в пакеты, что вам следует, ваши файлы классов будут находиться в подкаталоге, и вам придется соответствующим образом изменить команду jar.