посчитайте числоOfRecordsOnYourDB и сделайте:
set ROWCOUNT (numberOfRecordsOnYourDB - 1000 )
delete from hugetable
Go
Это удалит записи из вашей таблицы, но остановит обработку после указанного числа строк.
о, и не забудьте вернуть ROWCOUNT обратно к большому значению или просто открыть новое соединение для выполнения других задач